分公司可以申请港澳两地车牌办理吗？可以的。但条件限制比较多，一般情况下分公司不具备法人资格是不能申请港澳两地车牌办理的，而处于这种情况下，分公司便可以申请港澳两地车牌办理，具体需要是的注册在广东省满足以下情况才可以办理：
一/外资金融机构的分公司申请办理港澳车牌
在内地投资的外资金融机构在广东省的分支机构，其上一年度纳税数额符合以下条件，可以申办香港入出内地商务车指标：
上一年度纳税数额达到15万元以上的，可以申办第1个商务车指标；上一年度的纳税数额达到50万元以上的，可以申办第2个商务车指标；上一年度的纳税数额达到100万元以上的，可以申办第3个商务车指标；从申办第4个商务车指标起，上一年度的纳税数额每增加100万元即可增办1个商务车指标，最多不超过15个（包括该机构已申办的所有粤港、粤澳商务车指标在内）。
二/内资金融机构的分公司申请办理港澳车牌
内地登记的金融机构在广东省的分支机构，其上一年度纳税数额达到100万元以上，可以申办1个内地入出香港商务车指标（不予增办）。
三/分公司申请港澳两地车牌办理流程：
第１步：网上提交 申请者需要登录粤港两地车牌申请的网上办事大厅提交材料
第步：收到短信 补录近５年纳税信息
第３步：等待通知，一旦收到现场核验资料的通知，申请者需要在网上预约现场办理时间。
第４步随后，前往办证窗口递交证明资料的原件。如果核验通过，申请者将领取受理回执，然后等待后续审核结果的通知。如果车辆属于港澳入境商务车，审核通过后，申请者需要购买内地机动车交强险并完成车辆验车。之后，凭受理回执和验车信封到办证窗口缴费，并领取证件。
第５步：购买保险 在这一步骤中，需要先购买香港保险，然后前往香港运输署申请机动车号码牌，申请短期禁区纸和国际通行证。
第６步：制作号牌及预约验车 前往香港机动车号牌制作机构（车行）制作并取得号牌，随后前往香港上葵涌预约验车。
第７步：补录批文卡 携带禁区纸、国际通行证和旧批文卡前往广东公安交通管理局领取新的批文卡（号码补录）。
第８步：海关备案 在网上单一窗口做备案，领取海关编号，然后前往皇岗海关进行车辆备案，获得装车卡。
第９步：边检备案 司机本人携带商务签证和批文卡到皇岗边检备案，包括拍照和录指纹等步骤。
第１０步：验车 司机驾驶车辆前往海关进行过关验车，获得车辆合格文件。
第１１步：领取长期禁区纸 Ｚｕｉ后，申请人前往指定地点领取长期禁区纸和国际通行许可证，持商务签证或香港身份可领取相应许可证
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